【摘 要】
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线粒体是真核细胞重要的细胞器。线粒体不仅是细胞能量代谢中心，同时依赖线粒体的凋亡通路在细胞凋亡过程中起关键作用。而且线粒体功能失调与一系列疾病密切相关。但目前仍缺
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线粒体是真核细胞重要的细胞器。线粒体不仅是细胞能量代谢中心，同时依赖线粒体的凋亡通路在细胞凋亡过程中起关键作用。而且线粒体功能失调与一系列疾病密切相关。但目前仍缺乏一个在系统生物学水平上全面反映线粒体多种功能的模型。为了发掘存在于大量文献中的基因间相互作用信息，建立了一个基于规则的文献挖掘方法从线粒体相关的文献摘要中提取基因间直接或间接的相互作用。该方法引入了对生物医学文献中常见的复杂句子结构的分析，可以获得质量较高的基因相互作用信息(准确度79.5％，敏感度71.9％)。同时，尝试以该方法为核心开发提取基因间相互作用的文献挖掘工具。整合了从相关文献得到摘要中获得的基因相互作用信息和KEGG数据库中的相关信号通路，构建了一个线粒体功能相关的基因网络。通过对该网络中基因进行功能分析发现这个基因网络涉及代谢、细胞增殖、细胞凋亡、信号传导通路、物质转运、内稳态的调节、发育以及免疫等多个功能。对网络拓扑结构的分析显示该网络同大多数生物网络一样，具有无标度特征。在网络中最重要的枢纽节点主要参与细胞凋亡和信号传导的功能，提示依赖线粒体的细胞凋亡通路在这一网络中的核心作用。同时，该网络具有明显的模块结构。网络中的主要模块均具有明确的生物学功能，而且同一模块的不同功能之间均存在紧密的联系。上述结果均显示了建立的线粒体相关的基因网络能够全面地反映线粒体的多种生物学功能以及这些功能之间相互关系。
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