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中国加入世界贸易组织之后，国际上许多国家的公司加大了对华投资的步伐，为了实施我国经济发展的战略目标，与国际接轨，我国各地设立了很多海关特殊监管区域。海关特殊监管区域是一些国家为了给予有别于本国关境内一般地区的特殊政策，采取特别的措施进行监管的区域。在不同的国家表现为不同的名称和形态，比如出口加工区、科技工业园、各种经济特区等，广义的讲，还包括自由港、自由贸易区、保税区等。由于在特殊监管区实施的相对优惠的税收政策，政府可以通过这一政策工具来吸引投资，但减税的比重大了，对于特殊监管区而言所征收的关税税收数额降低，关税占总税收比重下降。由此产生了政策矛盾，造成了吸引投资和财政税收下降的政策矛盾,如何解决政策目标之间的矛盾，使我国的经济增长、充分就业、国际收支平衡等政策目标能充分得到实现，发挥好特殊监管区的优势，这就是本人写这篇论文的写作动机。
本文的主要内容分为四个部分。第一部分阐述了论文主要观点的理论依据和方法论依据。研究政策目标矛盾的主要理论是新兴学科经济政策学，由诺贝尔将获得者J.丁伯根创立。经济政策是政府为实现经济目标所采取的措施，它由经济政策目标、政策主体、政策工具三大要素构成。涉及三大要素的有关原理分别是，目标体系化原理、政策工具边界条件原理、集权与分权政策原理等。本文所采用的是目标体系化原理，包括政策目标体系化理论产生的历史背景，含义，介绍了单一目标向多元目标转化的过程，政策目标矛盾产生之后的冲突包括米德冲突、蒙代尔冲突等，以及政策目标协调方法——固定目标法、机动目标法。
第二部分是阐述了关税政策和特殊监管区的基本情况。包括关税及关税政策的历史渊源和内容，中国特殊监管区的发展情况和区内关税政策的实施情况，为第三部分的论述作好铺垫。
第三部分是本文的重点，论述了特殊监管区内关税优惠政策的目标矛盾首先介绍了关税政策的财政目标对增加国家税收，缓解中国财政困境具有重要作用。然后论述了关税政策另一类是经济目标，即经济增长、充分就业和产业结构优化目标。为了实现这类目标，在实施减免税等优惠政策后必然会减少税收，因此两个政策目标在实施过程中是有矛盾的。文章阐述了关税政策目标矛盾的原因及其客观性。
第四部分阐述了关税政策目标矛盾的协调。文章认为中国特区关税政策存在着目标矛盾，二者存在着协调的必要性和可能性。目标协调的必要性就是，既要继续执行税收优惠政策，保持当地经济不断增长，扩大就业，又要保证国家税收总额不减少。根据固定目标法需要增加政策工具的数量，即实施战略性关税政策，以及有增有减的关税政策；同时根据机动目标法，改变单一的考核关税指标的方法，实行综合考核指标，以提高特区协调目标矛盾的管理水平。
本文写作的创新之处：
1、文章以新兴学科经济政策学作为主要观点的理论依据，综合其他经济学研究成果，如米德冲突、蒙代尔冲突等，对目标体系化理论和相关模型，从数据、实例、理论上进行了全面阐述，丰富了目标体系化原理，并加强了论文的理论性和应用性。
2、文章从政策分析的角度来研究关税政策这个领域的目标矛盾现象，和运用的目标体系化理论来分析目标矛盾，角度新颖，内容具有很强的现实和理论意义。所提出协调关税政策目标矛盾的方法，如按照固定目标法，增加税收政策工具；根据机动目标法，调整考核目标，降低关税指标和提高其他指标的综合指标考核方法等切实可行的政策建议，具有一定的创新和可操作性。