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温疫属温病范畴，是一类除有温病的共性外，还具有强烈流行性、病情危重、病死率高、播散迅速等特点的传染性疾病。在我国历代都有发生，古称疫疠、疠疾、疾疫、时行、天行等，现代的非典、人禽流感、手足口病、艾滋病、疯牛病等亦属温疫范畴。
清代是是温疫学说形成和发展的重要时期，清代医家对温疫证侯特点、病因病机以及预防治疗的认识较以前趋于完善。他们从气、色、舌、神、脉、恶寒、发热等方面，明确指出温疫与伤寒在临床表现上的鉴别要点。认识到温疫的主要病因为外感“杂气”，但地理环境、自然气候、社会因素、体质强弱等亦对温疫的发生有一定影响。而且认识到，温疫与伤寒从六经传变不同，主要传变方式有表里传变、卫气营血传变、三焦传变等三种，且此三种传变互相兼容，互相联系。明确病因病机及证侯特点后，清代医家针对病原，选择药物，本着清热解毒、养阴生津的原则，制定不少治疫专方，并采取内外结合的方法治疗温疫。同时，无论是清代医家，还是清政府都十分重视温疫的预防工作，采取了一系列的措施，为人类的健康作出了不少贡献。
此外，清代的温疫学说在现代防治传染病过程中发挥了很大作用，清代医家所创的升降散、清瘟败毒饮、甘露消毒丹、银翘散等治疫名方，被广泛应用到非典、人禽流感、手足口病等传染病的治疗中，并取得成功，充分发挥了中医药防治传染病的优势。