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沙漠寡营养细菌能够在极端干旱的沙漠环境中生存，本身能够分泌一种粘性多糖形成生物结皮，这种生物结皮为其它微生物的生长创造了条件。沙漠寡营养细菌对防止沙漠化具有很大的利用价值。本文利用生物信息学方法对低能氮离子注入介导外源基因转化获得的3株重组沙漠寡营养细菌（DOB）进行了比较基因组研究。 在对DOB全基因组进行De novo测序的基础上，本研究应用生物信息学方法获得了3株重组菌株 DOB073、DOB113和 DOB981的编码基因数量分别为5363、5365和5180个，重组菌株DOB073和DOB113的编码基因数量分别比对照菌株DOB150增加了22个和24个，而重组菌株DOB981的编码基因数量比对照菌株DOB150减少了161个。基因组SNP的研究结果表明，重组菌株DOB073和DOB113的SNP数量分别为25和26个，而重组菌株DOB981的SNP数量高达192306个。基因组共线性和系统发育研究结果显示，重组菌株DOB981的基因组结构与对照菌株 DOB150相差较大，并且其基因组进化速度快于重组菌株DOB073和DOB113。 同源基因和基因家族的分析结果表明，3株重组DOB菌基因组中绝大部分基因具有相同的功能，能匹配到Orthomcl库中相同的Group中。结果显示重组菌DOB113独有的基因家族有1个，DOB981有100个，对照菌DOB150有2个。应用Islandviewer方法的分析结果显示，DOB细菌基因组39个片段可能为基因岛。重组菌 DOB073有9处基因岛片段；DOB113有10处基因岛片段；DOB981有7处基因岛片段；对照菌DOB150有13处基因岛片段。 本文通过对重组DOB的比较基因组学研究，探讨了低能 N+注入介导的原核微生物基因组突变与进化的分子机制，为后续相关基因功能与特点研究奠定了基础，对人们深入理解离子注入与生命细胞的相互作用机制具有重要的学术意义，并为DOB的遗传育种提供了理论依据。