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随着社会主义市场经济体制逐步建立，教育部门和单位内部经济活动日渐增多和复杂，加强对教育经济活动的监督，维护教育行政部门和单位正常的经济秩序，始终是教育审计关注的重点，积极探索规范化、经常化的高等学校审计制度是当务之急。借鉴新制度经济学的研究方法和思路，以马克思主义的经典制度学说、新制度经济学的制度变迁理论和产权理论为基础，强调教育产权理论在高等学校审计制度创新过程中的重要作用。回顾20多年来我国高等学校审计制度的变迁过程，发现我国高等学校审计制度滞后于高等教育体制改革，在分析其原因的基础上提出强制性制度变迁与诱致性制度变迁相结合将是未来高等学校审计制度创新的主要方式。由于市场经济条件下高等学校产权主体分化，高等学校审计权利也相应的重置，主要表现为政府在高等学校审计中的职能重构，高校在高等学校审计中的自主权扩充和社会力量在高等学校审计中的介入，并且政府、高校、社会三种审计力量的相互制衡将是高等学校审计制度创新的发展趋势。确保高等学校审计制度创新顺利进行可以从法律地位、办学自主权、行政管理体制、投资渠道、资源配置五个方面提供政策保障。