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目的：分析新型农村合作医疗基金风险的影响因素。探讨灰色预测模型和马尔可夫模型相结合的可行性，评价使用结合模型的优越性。研究灰色马尔可夫模型在新型农村合作医疗基金风险预测中的适用性，并应用该模型对新型农村合作医疗的基金风险进行预测。 方法：基于广州市番禺区2005-2011年新型农村合作医疗的相关资料，采用单因素方差分析方法分析基金风险的影响因素。建立灰色预测模型，利用残差检验、关联性检验和后残差检验评价模型的预测精度，之后引入马尔可夫模型构建灰色马尔可夫模型，验证模型的适用性，并对该地区2012-2016年的基金风险进行预测。 结果：年份、住院天数和医院等级的单因素方差分析结果均有统计学意义（P＜0.05）。所建立的参合人数和报销金额灰色预测模型均通过残差检验、关联性检验和后残差检验，精度等级分别为二级和三级。灰色马尔可夫模型中新型农村合作医疗2005-2012年参合人数和报销金额平均相对残差分别为1.15％和4.38%，小于单独使用灰色预测模型的平均相对残差2.80%和8.19%。该模型对2012年参合人数和报销金额预测值与实际值比较，精确度为97.31%和98.05%。通过此模型预测的结果显示，新型农村合作医疗的基金总额先逐渐增加，到2014年后呈逐渐下降的趋势；而报销总额呈逐渐上升的趋势。 结论：参合农民住院时间、住院医院级别和年份在一定程度影响新型农村合作医疗的基金风险。灰色预测模型和灰色马尔可夫模型均适用于新型农村合作医疗基金风险的预测研究，且预测精度较高，但灰色马尔可夫模型的预测精度高于灰色预测模型，更适用于新型农村合作医疗基金风险的预测。由灰色马尔可夫模型所预测的结果显示番禺区新型农村合作医疗系统在未来5年间不会出现破产的情况，但从长远来看，应该适当加大新型农村合作医疗的资金投入，以保证新型农村合作医疗系统的持续健康运行。