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目的：利用文本挖掘,研究针刺抗哮喘大鼠SAGE标签数据库差异表达基因间的相互关系,为揭示针刺抗哮喘效应的分子物质基础,进一步构建针刺治疗大鼠哮喘信息传导通路提供依据。
方法：基于课题组前期获得的空白(CK)、哮喘(AS)、针刺抗哮喘(ASAC)、空白针刺(nAC)四组大鼠肺组织SAGE标签数据库,利用iHOP(InformationHyperlinked over Proteins)等网络数据库提供的基于PubMed的文本资源和UCINET 6社会分析学软件(整合了Program for Analysis and Visualizationof Large Networks,Pajek),对SAGE标签数据库进行文本挖掘,研究针刺抗大鼠哮喘差异表达基因间的相互关系。
结果：
1、更新、整合SAGE标签数据库,CK-AS、AS-ASAC、nAC-CK各比较组p≤0.05的标签数分别为276、176、196,有明确功能注释(即与已知基因相匹配)的标签数分别为173、122、129,其中分别有78、58、52个差异表达基因可利用iHOP搜索出有文献报道的相关基因。
2、利用UCINET 6分析,CK-AS比较组差异表达基因中有18个节点基因,依次是:Jun、Fos、Egr1、Ccnd1、App、Cav、Lyz、Eln、Rps27a、Eno1、Ctgf、Anxa2、Agrn、Dbi、Egf、Nr4a1、Sult1a1、B2m。
3、利用UCINET 6分析,AS-ASAC比较组差异表达基因中有18个节点基因,依次是:Jun、Egr1、Kras、App、Car、Fasn、Grb2、Sparc、Txn1、Lepr、Sftpa1、Xdh、Dbi、Ptprc、Ccl5,Sult1a1、Rgs3、Gc。
4、利用UCINET 6分析,nAC-CK比较组差异表达基因中有19个节点基因,依次是:Actb、Lyz、Rps27a、Ctgf、Enol、Dbi、Nfkbia、Sftpa1、Fh1、Tpt1、Csk、Ptprc、Pgk1、Gnb211、Ctsh、Mgp、Vamp8、Hmgcs1、Smc111。
5、文本挖掘四组大鼠SAGE标签数据库表明：哮喘的发病机制可能与早反应基因启动引发的炎性改变有关；针刺治疗哮喘可能与控制早反应基因的表达,抑制炎症,增强肺组织的保护有关；针刺对正常大鼠的刺激不依耐于早反应基因的表达,与针刺对哮喘的调节作用不同。
结论：在基因表达层面,针刺治疗哮喘的作用具有整体性、双向性。利用文本挖掘技术分析高通量技术数据有助于筛选哮喘发病和针刺抗哮喘的关键基因。针刺大鼠特定穴位对大鼠特定哮喘状态的治疗作用具有特异性。