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目的：
通过筛选疾病预防控制机构组织绩效评估的关键指标，构建疾病预防控制机构组织绩效评估的DEA模型，并对构建的模型在黑龙江省13地市的CDC机构进行实证研究，并将评估结果与目前普遍采取的加权求和法的评估结果进行对比，从而为决策机构提供科学的判断依据。
方法：
本研究采用定性和定量相结合的方法，对黑龙江省下属的哈尔滨、大庆、齐齐哈尔、牡丹江、佳木斯、鸡西、鹤岗、双鸭山、伊春、七台河、黑河、绥化、大兴安岭等十三个地市的CDC进行2009年业务工作目标考评，并填写机构基本情况调查问卷。根据专家焦点小组讨论法，确定了DEA模型的关键输入和输出指标，并据此将13地市CDC目标责任制考核的结果数据进行分类整理，利用Epitata3.02建立数据库，用DEA软件DEAP进行分析，首先采用Input-C2R模型，然后用Output模型给出补充数据。
结果：
1、在13家疾病预防控制机构中，有5家的DEA得分为1，松弛变量值均为0(S-=S+=0)，表明它们的效率为相对最优，即相对DEA有效。也就是说，相对于其他8家机构来说，它们现有的投入已经发挥了最大作用，且现有的产出也是在目前现有投入条件下所能达到的最大产出，处于最佳实际生产前沿面上。而其余8家疾病预防控制机构的DEA得分小于1，表明这8家机构是相对非DEA有效的，其中有1家机构的效率值为0.913，其余7家CDC的值小于0.90，数值越小表明相对效率越低；
2、将传统的目标责任制考核总分排名结果分别与DEA方法的结果进行对比，变化较大的决策单元为：DMU9由第1位变为第9位，DMU8由第3位变为第8位，DMU5由第5位变为第11位，DMU1由第7位变为相对有效。而在DEA方法中相对有效的DMU4和DMU7的排名在目标责任制考核中分别在第11、13位：
3、通过DEAP软件，计算出相对低效的8家疾病预防控制机构在调整后的资源投入情况下可以达到的理想的产出值。
结论：
1、根据目前普遍采取的投入和产出直接加权求和评估方法，经济条件好的单位投入多，最后得分也高，投入不足的机构排名也相对靠后。对于经济条件落后地区的CDC来说，有可能他们在当前投入下已经做到了最大的产出，效率甚至高于投入较大的CDC机构，而目前较为普遍的考核方法无法体现这一点，这对于经济较差地区的CDC机构来说是不公平的；
2、在本研究的13家CDC中，通过比较，13家CDC机构的排名存在不同程度的变化，原来考核排名较差的机构经过DEA方法分析变成相对有效的机构。也就是相对于其他CDC机构来说，在当前政府的投入条件下，同一单位的投入他们已经做到了最大的产出，资源的利用率相对较高；
3、DEA应用于疾病预防控制机构的绩效评估是有重大意义的。它可以防止将由政府投入不足造成的低效率完全归咎于CDC机构本身。同时，根据DEA方法，可以计算出各个相对低效的机构理想的投入产出值，为主管部门的决策提供科学的判断依据。