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随着我国政府对哲学社会科学的重视，其国家拨款科研经费也越来越多，怎么对这些经费进行财务管理，怎样能用科研经费最大程度的调动科研人员的积极性，怎么合理有效的使用科研经费也提上了日程。 本文首先介绍了哲学社会科学科研经费的特点，结合某高校的实际情况，通过调查问卷的形式，以点代面的反应出如今高校在哲学社会科学科研经费使用过程中存在的问题，并根据问题从本质上分析引起这些问题的原因。现阶段，我国高校更加注重科研工作，对于科研经费的管理并不重视。在科研经费申请时，项目负责人编制预算一般也没有系统的计划，导致项目实施后，实际经费使用和预算不符;已立项的科研经费使用中存在成本管理缺失、日常报销违规失真、设备管理混乱的问题，;另外科研经费结题不结账现象普遍存在。形成这些问题主要是因为我国的科研经费预算管理制度不完善，科研管理经费制度不完善、不系统，科研经费监督力度不足。 针对这些问题，本文提出了对于现行的哲学社会科学科研经费管理制度进行完善，预算编制上可以参考财务人员的建议高校内部完善管理层级的设置，理顺项目科研负责人、科研管理部门和财务部门的关系，明确违规使用经费触犯的法律，并提出可以在量刑上酌情处理。另外，在文中提出开发一套软件，将预算、审批、财务管理、科研管理、专家匿名评审都纳入其中，将现有的多个系统进行整合，资源进行共享，有利于减少申报环节，提高经费的使用效率。