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为了探索水稻细胞质及核-质互作对稻瘟病抗性的影响，进一步明确稻瘟病菌对水稻主体亲缘细胞质及杂交水稻生产中主要的雄性不育细胞质是否存在专化性浸染。本研究用6个籼稻和5个云南粳稻主体亲缘细胞质品种、细胞质共同来源于Cina的7个IR系列品种及细胞质共同来源于西南175的5个云粳系列品种分别用3个特异的籼稻和3个特异粳稻杂交回交构建同质异核、同核异质核代换系(BC10)：选用杂交水稻生产中主要的6种雄性不育细胞质相应的6对不育系；配制异质同核不育系及保持系与恢复系的杂种F1。对以上材料用47个收集于26个国家和地区具有广泛多样性的稻瘟病菌株接种，以分析籼稻和云南粳稻主体亲缘细胞质对稻瘟病抗性的遗传和变异以及主要雄性不育细胞质对稻瘟病抗性的影响。主要结果如下：
1.云南粳稻5个主体亲缘细胞质中的西南175、科情3号、黎明、城堡一号为细胞质的核代换系在同一核背景中核代换系与核代换亲本间抗性反应一致，而轰早生细胞质在8-126的核背景下的核代换系对所有参测菌株表现出广谱的抗性，抗性频率(87.2％)明显高于核代换亲本8-126和其他同核的核代换系(12.8％)。
2.细胞质共同来源于西南175的5个云粳系列品种为细胞质的核代换系在同一核背景中核代换系与核代换亲本间抗、感反应一致，没有发现粳稻西南175细胞质在其衍生品种中对参测菌株抗性的变异。
3.6个籼稻主体亲缘细胞质品种矮仔占、竹粘、南特号、胜利籼、低脚乌尖、Peta的核代换系在同一核背景下，核代换系与核代换亲本间接种结果一致，没有发现对6个籼稻主体亲缘细胞质具有转化性的菌株。
4.细胞质共同来源于Cina的7个IR系列品种的核代换系接种结果表明：核代换系IR24(桂朝2号)、IR28(桂朝2号)和IR42(滇瑞449)对部分菌株的抗性结果与核代换亲本存在差异，显示出Cina的细胞质在其后代中对稻瘟病的抗性有变异的发生。
5.6种主要雄性不育细胞质不育系及相应保持系的接种结果表明，所用不育系与相应保持系对参试的稻瘟病菌株在抗性反应上没有差异；没有发现对不育细胞质专化浸染的稻瘟病菌株，也未发现滇一型及BT型不育细胞质对F1的抗性影响。
以上结果表明：水稻不同的细胞质或核-质互作在稻瘟病抗性上存在差异。轰早生细胞质与8-126的细胞核互作表现出广谱的抗性。本研究结果为水稻稻瘟病抗性的研究和稻瘟病持久抗性育种提供了新的思路和途径。