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教育是社会主义现代化建设的基础，是国民经济发展的重要保障，高等教育更是强国之本、强民之本。在政府财政专项资金中占举足轻重地位的高校专项资金的有效使用将有利于提高高校教学质量、科研能力，有利于提高高校的学科综合水平，有利于培养高层次的专门人才，最终有利于推动我国经济和科技文化的发展。
伴随着高校建设规模的不断扩大，高校专项资金的规模和使用自主权在不断扩大，对高校资金运行质量和效率的关注度也越来越高。但目前高校对专项资金的管理仍相对薄弱，存在着管理不严，管理办法不够规范，以及难以确保专款专用等问题，以至不能实现既定的支出目标，直接影响了资金的使用效益。因此，构建一个合理的绩效评价指标体系，客观评价专项资金的使用绩效，对促进高校专项资金管理和使用的科学性、有效性，对保证公共资源的合理配置，充分发挥专项资金的价值都具有深刻的理论和现实意义。
本文旨在认真研究现有绩效评价理论支撑的基础上，借鉴财政支出绩效评价和高校财务综合绩效评价的已有经验。并结合对目前高校专项资金的性质、涵盖范围、以及管理使用等方面自有特点的深入分析，引入已广泛应用于企业绩效评价的平衡记分卡和层次分析法，从导向性、考核性和改进性的原则出发，设计一个相对全面的、可比的、实用的高校专项资金绩效评价指标体系。
文章主要包括五个部分：
第一部分：主要阐述本文研究的出发点和落脚点，介绍相关内容的国内外研究现状，以及本文研究的目的、主要思路和创新点。
第二部分：分析专项资金绩效评价的支撑理论。理论是应用研究的基础，是课题研究的支撑和指导，因此，在展开本文研究之前有必要先对相关的理论基础做一个全面的认识，为本文的研究构筑合适的理论基础。从方法论的角度选择控制论和系统论为本文的研究提供理论指导和技术支持，用委托代理理论解释绩效评价的动因，用利益相关者理论丰富绩效评价涵盖的范围，用权变理论指导评价体系的优化，用公共财政理论阐述高校专项资金的特性，并探索和阐述适合高校专项资金的绩效评价理论。
第三部分：对高校专项资金绩效评价做一个概述。目前对高校专项资金的认识存在一定的误区,使用范围比较混乱，该部分结合前述的理论基础，对高校专项资金的性质、分类和用途等进行清晰的阐述；在此基础上对什么是高校专项资金绩效评价进行了界定；并对高校专项资金的自身特点，以及目前高校专项资金管理中存在的问题做了必要的说明；最后为高校专项资金绩效评价的对象、目标和内容等做了明确的定位。
第四部分：论述如何构建高校专项资金绩效评价的具体指标体系。量化的指标更具有可操作性和对比性。但不同的资金项目有不同的衡量目的和要求,因此其指标体系应因项目而异。该部分主要是借鉴财政支出绩效评价指标，针对高校专项资金的特殊性，把平衡记分卡引入到指标体系的设置上，从成本控制、利益相关者、内部管理、知识共享与成长四个方面来构建一套具体的指标框架体系，充分考虑高校专项资金使用上的财务指标和非财务指标，长期指标和中短期指标的平衡。设计一套系统全面的高校专项资金绩效评价指标体系，力求应用广泛、评价规范。第五部分：高校专项资金绩效评价指标体系应用的案例研究。模型是对客观存在进行抽象的描述、模拟，合理科学的模型可以提高评价的效率和效果，但前提是要检验模型是合理的。所以该部分以高校修购专项资金为检验对象，具体选择武汉市某高校某年度图书馆改造维修专项为实例，从实证的角度验证本文基于BSC法构建的高校专项资金绩效评价指标体系是合理、可行的。