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本实验收集了河南、浙江、陕西等主产地山茱萸各品种的叶片标本60份，进行RAPD，建立山茱萸的DNA遗传图谱，分析各品种之间的亲缘关系，确定山茱萸优良品种的DNA指纹图谱，并用其筛选山茱萸优良品种。主要结果如下：
1.在经典的CTAB法的基础上，对提取条件进行了改进，确定了提取总DNA的方法，该法从山茱萸叶片中提取的总DNA收率为1376μg/g～8256μg/g，经过琼脂糖电泳检测，紫外吸收检测表明，提取的总DNA杂质少、质量好,RAPD扩增效果良好。
2.对RAPD扩增反应体系和温度循环参数进行了优化：(1)反应体系：25μl反应体系，其中10×buffer2.5μl，dNTP(2.5mmol/L)3.0μl，Mg2+(25mmol/L)3.0μl，引物(2μmol/L)2.5μl，模板DNA(137.6μg/g～825.6μg/g)2.5μl，Taq酶(5U/μl)1μl，去离子水10.5μl。扩增产物在1×TAE电泳缓冲液中用1.2％琼脂糖凝胶电泳，电压为每厘米3-4伏，电泳完毕用0.5μg/ml的EB染色，拍照。(2)扩增程序：94℃预变性8min，94℃变性，1min，38℃退火，1min，72℃延伸，1.5min，共35个循环。72℃10min补齐。其中变性94℃到退火38℃的降温时间延长1min，退火38℃到延伸72℃的升温时间延长1min。
3.从100条上海生工S系列10bp的随机引物中筛选出7条扩增好、多态性稳定的引物。将这些引物用于60份材料的扩增，扩增片段大小为200bp～2000bp。从7个引物产生的谱带中共获得53个位点，其中44个位点具有多态性，多态率达到83％，说明样品具有很好的遗传多样性。
本试验以各样本之间的遗传距离为聚类统计变量，采用SPSS11.0软件计算DICE遗传相似性系数，Between-groupsLinkage方法聚类，构建亲缘关系树系图。由聚类图可以看到，河南产短圆柱形果型自成一类，和另外几种果型的亲缘关系较远。不同产地的椭圆形果型，长圆柱形果型和短梨形果型分别聚在了一起，表明这三种果型保持了较好的遗传独立性。圆柱形果型和长梨形果型亲缘关系较近，并且对于同一果型来说，产地的差异大于个体的差异。浙江产的短圆柱形果型4份样品聚为一类，保持着较好的遗传稳定性。从树状图也可以看出各栽培品种之间的遗传关系，遗传位点比较丰富的品种长圆柱形果型和短梨形果型首先聚在一起，然后是圆柱形果型、椭圆形果型、长梨形果型聚为一大类。实验结果支持了种内变异类型按照不同果型分类的方法，为山茱萸按照不同果型的分类提供了分子水平的依据。