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由于经济全球化的深入以及知识经济的兴起，科技竞争力日益引起各国政府、产业界和学术界的广泛关注，成为“国际竞争力”或“国际竞争力优势”研究的核心内容，而科研院所的科技产出与科技竞争力紧密相关。
改革开放三十年来，我国科技事业取得了重大成就，已经形成了比较完整的科学技术体系，取得了一批重大成果。在此背景条件下，科研院所如何发挥自身的研发优势以促进自身和产业的持续发展成为人们关注的话题。中国科学院顺应时代发展，于1998年开始实施旨在提升科技竞争力的知识创新工程，现在已处于进一步发展的阶段。
按照科技产出的内涵，本文在总结相应文献分析的基础上对知识创新工程实施后中国科学院的科技产出的变化进行了系统的分析，并对中国科学院与产业界的开放合作的绩效以及对中科院的科技产出的影响进行了深入的研究。
本文在研究知识创新工程对于科研院所科技产出的提升方面采取对比分析的方面，研究了相对于知识创新工程实施以前的提升效果。
对于科技投入产出效率方面，本文选取中科院的20个有代表性的研究所作为研究样本，相应选取1998—2006年的数据进行实证研究，以分析知识创新工程各项措施对提升科技产出的作用。研究结果表明知识创新工程的各项关于科技投入措施，基本上提高了科学院的知识创造能力，对技术创新能力的提高比较有限。而其他改革措施有些提高了综合科技产出，有些只提高了基础研究科技产出。
对于产学研合作对于科技产出的作用方面，通过对与企业进行研发合作的中科院科研人员的科技产出的统计分析表明：科研人员与企业进行的技术开发的形式对科技产出有不同的影响，只有与企业的高层次的发明专利的开发会提升各方面的科技产出，但是与企业的实用新型及外观设计的开发则会损害基础研究的科技产出，这对中科院长期的发展不利。
知识创新工程基本上提升了科研院所科技产出的各方面内容。但中国科学院面临着如何将强大的科学创新能力转化为技术创新能力，以及与企业加强合作的同时也提升自身的基础研究及应用研究产出水平的挑战。