芥菜开花调控基因SVP和AGL24的克隆及其表达分析

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芸薹属起源于地中海地区,是十字花科作物中经济价值最高的一个属,也是我国栽培面积最大、总产量最高的一个蔬菜作物类群,主要是由于其营养价值高、适应性强、变种类型多等特点。芸薹属蔬菜包括芥菜类、白菜类、甘蓝类蔬菜以及白菜型、甘蓝型油菜等几大类蔬菜作物。由于芥菜在我国南方广泛种植,研究芥菜的开花时间调控,将产生重大的科研和生产实践价值。本试验以芥菜为植物材料,利用已经公开的开花调控基因的保守序列设计同源引物,克隆了开花抑制因子SVP和开花促进因子AGL24,得到了SVP和AGL24的cDNA序列,并根据序列设计了相应的用于实时定量PCR的特异性引物,研究了不同开花途径下SVP和AGL24在芥菜不同部位的特异性表达。主要研究结果如下:1、开花抑制因子SVP的克隆与分析利用已经公开的开花时间基因的保守序列设计同源引物,从芥菜叶片总RNA反转录的第一链cDNA中扩增得到的SVP基因片段大小为739bp,包含726bp的开放阅读框,预计编码241个氨基酸残基。采用生物信息学的方法,利用Smart等多种软件研究了芥菜SVP蛋白与其他物种SVP的同源性、系统进化关系等,还预测了芥菜SVP的结构域、磷酸化位点、亲水性、跨膜区域、信号肽、亚细胞定位以及其二维和三维结构模型。结果表明:编码241个氨基酸残基的芥菜SVP蛋白分子量为27.36kD,pI约为5.57;芥菜SVP与芜菁BrSVP的亲缘关系最近,与马铃薯StSVP和川桑MnSVP的亲缘关系最远;芥菜SVP为MIKC型蛋白;芥菜SVP可能发生磷酸化的位点共有12个,其中丝氨酸(Ser)10个、苏氨酸(Thr)1个、酪氨酸(Tyr)1个;在芥菜SVP的35-50aa处存在疏水区域;芥菜SVP不含有信号肽,不属于胞外分泌蛋白或膜蛋白;二级结构主要以a螺旋和随机卷曲为主。2、开花促进因子AGL24的克隆与分析利用已经公开的开花时间基因的保守序列设计同源引物,从芥菜叶片总RNA反转录的第一链cDNA中扩增得到的AGL24基因片段大小为666bp,包含666bp开放阅读框,预计编码221个氨基酸残基。采用生物信息学的方法,利用Smart等多种软件研究了芥菜AGL24蛋白与其他物种AGL24的同源性、系统进化关系等,还预测了芥菜AGL24的结构域、磷酸化位点、亲水性、跨膜区域、信号肽、亚细胞定位以及其二维和三维结构模型。结果表明:编码221个氨基酸残基的芥菜AGL24蛋白分子量为24.90kD,pI约为7.67;芥菜AGL24与甘蓝型油菜BnAGL24的亲缘关系最近,与白毛杨PtAGL24的亲缘关系最远;芥菜AGL24为MIKC型蛋白;芥菜AGL24可能发生磷酸化的位点共有17个,其中丝氨酸(Ser)15个、苏氨酸(Thr)1个、酪氨酸(Tyr)1个;在芥菜AGL24的35-50aa处存在疏水区域;芥菜AGL24不含有信号肽,不属于胞外分泌蛋白或膜蛋白;二级结构主要以a螺旋和随机卷曲为主。3、不同开花途径下SVP在芥菜不同部位的表达分析利用实时定量PCR技术分析了不同开花途径(包括自主途径、春化途径和光周期途径)中SVP基因在芥菜叶片和茎尖的表达情况。结果显示:芥菜SVP主要在营养生长阶段表达,抽薹前达到表达高峰,抽薹时期表达急剧降低,随后又有所增加,总体呈现“先升后降”的趋势。并且,三个途径中SVP在茎尖中的表达呈现出相似的规律,叶片中SVP的表达规律具有差异性。4、不同开花途径下AGL24在芥菜不同部位的表达分析利用实时定量PCR技术分析了不同开花途径(包括自主途径、春化途径和光周期途径)中AGL24基因在芥菜叶片和茎尖的表达情况。结果显示:芥菜AGL24在抽薹前中后期间都有较高量表达,在抽薹期间达到最高水平,总体也是呈现“先升后降”的趋势。此外,春化和光周期途径中,AGL24在叶片和茎尖中的表达规律类似。
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