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拟诺卡氏菌是一类广泛分布于自然界的放线菌，因其具有较强的环境适应性和丰富的代谢产物，甚至一定的致病性，近年来引起人们的极大关注。从基因组角度比较这些遗传关系近、表型差异大的菌株，将为更好地理解它们的物种分化过程和环境的适应性机制提供更多新的线索，对拟诺卡氏菌属中16个具代表性的物种进行了基因组测序。并依据系统进化关系，进一步分析拟诺卡氏菌在物种形成中的基因获得和丢失，探讨了其与生境的相互关系。本文从比较基因组学的角度，重新认识了拟诺卡氏菌的物种形成，并认为基因组的高动态性和基因家族的使用偏好性为其适应复杂环境奠定了遗传基础。