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连续小推力推进器由于其较高的比冲而极其适合应用于深空探测任务，对小行星的探测在近几十年来也广受关注，利用小推力推进器驱动航天器针对多个小行星进行探测能显著增加任务的科学意义。对多个小行星进行探测加入了大量的内点约束，增加了使用间接法对其轨迹进行优化的难度。本文提出了一种将轨道分段优化再整体优化的方法，可以将分段求解得出的协态变量直接作为初值对整个任务进行优化，解决了协态变量难以猜测的问题。数值算例表明了该方法能有效猜测初值，且具有很快的收敛速度，求解出来的解也能保证最优性。通过对第七届国际深空探测轨迹优化竞赛的前五名的结果的再次优化，该方法证明了其正确性和高效率，优化后的指标最高能提升5％。