【摘 要】
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以Duke越橘(Vaccinium corymbosumDuke)为试材,构建De novo转录组测序文库并进行数据统计分析,利用Mega 4、CLC Sequence Viewer6等软件和定量PCR技术对测序文库中的BHLH转录因子进行生物信息学和表达分析.结果 显示,转录组测序共获得有效数据28.38 Gb,通过组装得到Unigene序列108 033个.功能注释结果表明,有32 244个U
【机 构】
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中国农业科学院果树研究所,农业部园艺作物种质资源利用重点实验室,辽宁兴城125100 吉林农业大学
【出 处】
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第六届全国果树分子生物学学术研讨会
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以Duke越橘(Vaccinium corymbosumDuke)为试材,构建De novo转录组测序文库并进行数据统计分析,利用Mega 4、CLC Sequence Viewer6等软件和定量PCR技术对测序文库中的BHLH转录因子进行生物信息学和表达分析.结果 显示,转录组测序共获得有效数据28.38 Gb,通过组装得到Unigene序列108 033个.功能注释结果表明,有32 244个Unigenes可注释到COG、GO等数据库上；75 789个Unigenes无匹配信息.利用COG和GO分类工具可将具有注释信息的序列分别划分为25个和52个类别,涉及转运与代谢、转录与调控和信号转导等功能.分析转录组文库中BHLH基因,结果表明共得到59个BHLH基因.序列结构分析显示,其中55个基因均含有完整的BHLH区域.进化树分析显示,越橘BHLH基因分为13个亚组.定量PCR结果表明,45个基因在芽、茎、叶、花和果实不同发育阶段均能表达,但表达模式不同,推测BHLH基因的功能涉及越橘不同组织器官发育的各个方面.本文为进一步研究越橘BHLH基因家族的分类及功能奠定了基础.
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