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为了更好地反映钟差特性并提高其预报精度，采用抗差最小二乘配置方法建立一种能够同时考虑星载原子钟物理特性、钟差周期性变化与随机性变化特点的钟差预报模型。首先使用附有周期项的二次多项式模型进行拟合提取卫星钟差的趋势项与周期项，然后针对剩余的随机项及其可能存在的粗差，采用抗差最小二乘配置的原理进行建模；其中最小二乘配置的协方差函数是通过对比协方差拟合的方法并结合试验进行确定的。使用IGS精密钟差数据进行预报试验，将新方法与二次多项式模型、灰色模型及Kalman滤波模型进行对比，证明了新方法能够更好的预报卫星钟差，同时说明所提协方差函数确定方法的有效性。