【摘 要】
：
SUMO特异性蛋白酶SENP调节SUMO的成熟并行使对底物的去SUMO化过程.虽然对SENP1的作用研究已比较深入，但对其去SUMO化机理至今仍不清楚.本文采用MD模拟结合QM/MM方法对这一去SUMO化机制进行了详细的研究.研究表明，底物SUMO1-RanGAP1通过破坏内部的疏水相互作用及异肽键从trans到cis的翻转，插入SENP1的催化口袋，之后SENP1的Cys603位的硫负离子进攻S
【机 构】
：
上海交通大学生命科学技术学院,微生物代谢国家重点实验室,上海东川路800号,200240;上海交通大学医学院,病理生理学系,上海重庆南路280号,200025
论文部分内容阅读
SUMO特异性蛋白酶SENP调节SUMO的成熟并行使对底物的去SUMO化过程.虽然对SENP1的作用研究已比较深入，但对其去SUMO化机理至今仍不清楚.本文采用MD模拟结合QM/MM方法对这一去SUMO化机制进行了详细的研究.研究表明，底物SUMO1-RanGAP1通过破坏内部的疏水相互作用及异肽键从trans到cis的翻转，插入SENP1的催化口袋，之后SENP1的Cys603位的硫负离子进攻SUMO1的Gly97位上的羰基碳原子，激发这一去SUMO化反应的发生.随后，一个四面体中间体与一个酰基酶中间体相继生成，最终释放出SENP1、SUMO1和RanGAP1.在这一反应过程中，亲核进攻为决速步，反应能垒为20.2 kcal/mol.这一结果与突变实验相吻合.该项研究有助于SENP去SUMO化反应机理的解释，此外，文中指出的一些关键残基也为设计新型SENP1相关疾病的抑制剂提供了理论指导.
其他文献
由于镧系金属与有机配体本身及两者之间的电荷转移能够提供有利于生成发光物质的条件,以及这些发光物质在发光、显示器、传感和光学设备中的应用价值,基于稀土金属的金属有机配合物的合成研究具有良好的前景[1,2].本文以4,5-咪唑二酸为配体,水热合成了4个三维的Ln-Cd异金属配合物[LnCd2(imdc)2(Ac)(H2O)2]·H2O(Ln = Pr(1),Eu(2),Gd(3),Tb(4)； H3i
Axially chiral molecules are prevalent in biologically active natural products as well as ligands or catalysts in asymmetric catalysis.1 Accordingly,it is not surprising that diverse strategies have b
The design and synthesis of fluorescence-labeled oligonucleotides that exhibit significant enhanced emission on hybridization to complementary nucleic acid sequences have been the subject of intense r
大肠杆菌中的D-3-磷酸甘油酸脱氢酶(PGDH)催化丝氨酸合成第一步[1],并能被丝氨酸所别构调控[2].在此前的研究工作中,我们发展了二态Gō模型结合微扰的方法从理论上预先对蛋白的别构位点进行预测[3].对大肠杆菌中的PGDH,我们总共预测到了两个潜在的别构位点,一个位于活性位点附近(位点Ⅰ),一个位于别构位点附近(位点Ⅱ).在本次研究工作中[4],通过虚拟筛选结合实验验证的方法,我们发现了结合
发展酶激活剂对治疗和控制复杂疾病具有重要意义.同时,激活靶标蛋白所得到的效果也无法通过使用抑制剂来实现.然而,现阶段酶激活剂的发现和设计都存在诸多困难.之前的研究已证明激活花生四烯酸代谢网络中的15-脂氧合酶(15-LOX)可以促进炎症的消除1.我们通过对15-LOX残基二面角运动的相关性2和该蛋白表面性质分析3,发现了一个适合小分子结合的潜在别构位点,并针对该位点进行了虚拟筛选.通过体外活性测试
细菌能够感受周围环境中化合物,并沿着化合物的浓度梯度定向运动,这种性质称为趋化性。细菌朝着化合物高浓度的方向运动,称为正趋,该化合物就是引诱剂,反之是负趋,该化合物就是驱散剂。细菌趋化性是通过其细胞膜上的趋化性受体及其下游信号通路完成的,趋化性的特异性主要取决于趋化性受体周质区的结构。在大肠杆菌中已经发现5种趋化性受体,本课题组的毕双玉博士对受体Tar与效应物结合并激发信号通路的分子机制进行了研究
磷脂过氧氢谷胱甘肽过氧化物酶(PHGPx)能还原氧化受损的细胞膜及细胞内的各种活性氧物种(ROS),在胚胎发育、抗氧化和精子生成中有不可替代的作用[1]。激活 PHGPx 的保护作用对治疗炎症、癌症等疾病可能有很好的效果。而通过别构调控,激活目的蛋白的功能是一种新兴的药物设计思路[2]。目前,还没有报道可以激活 PHGPx 活性的化合物。本文基于活性 PHGPx 晶体结构[3],预测了可能的别构调
转化生长因子TGF-β1信号通路调节细胞增殖分化等一系列重要的生理和病理过程，这一信号通路传导起始于TGF-β配体与细胞膜上二型受体(TβRⅡ)的结合，引起TβRⅡ单体到二聚体的激活。我们建立了活细胞体系膜蛋白单分子荧光显微成像技术，结合引入非天然氨基酸的小分子染料标记方法，研究了转化生长因子二型受体(TβRⅡ)在细胞膜上的聚集状态，以及TβRⅡ在配体刺激前后的单体二聚化动力学。通过追踪单个TβR
山药素是山药中一类重要的酚性化合物,具有控制植物休眠、抗菌、抗氧化、抑制 -D-葡萄糖苷酶等生物和药理活性[1-3].研究山药素与人血清白蛋白(HSA)的作用机理,有利于解释该类物质在体内的分布、吸收、代谢及其药理药效机制.本实验以没食子酸为起始原料,经甲基化、四氢铝锂还原、溴代、Wittig Horner缩合及钯碳还原等步骤,制得山药素V(化合物1,Fig.1)及其同分异构体(化合物2,Fig.
Traditional single binding site probes for metal ions usually lack the ability to form stable products in the recognition process.Herein,a novel three binding sites “ON-OFF-ON” fluorescent probe,trifo