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本研究以橙色果肉西双版纳黄瓜与白色果肉雌性系黄瓜构建遗传背景不同的两个F2作图群体，分别利用RAPD, SCAR, SSR, EST, SNP, AFLP. SSAP分子标记绘制遗传连锁图谱，并针对群体果肉颜色和果肉主要类胡萝卜素含量和叶黄素性状进行QTL定位，通过对比两张遗传图谱的分子标记和QTL信息准确选择控制黄瓜果肉颜色的QTL。