【摘 要】
：
海洋微环境包含了丰富的生物,珊瑚礁就是其中一种。对珊瑚礁共生的微生物群落组成分析能够回答珊瑚共生体的关键生态学问题。微生物群落结构与环境因子之间的关系也能为物质循环提供重要的线索。在本研究中,我们收集了地理学位置较远的中国南海和莫里阿岛的珊瑚礁共生体微生物群落的测序数据。从NCBI下载数据集SRR82519和SRP007926,数据集中共有25个样本,其中17个珊瑚礁样本根据来源可以分成7组：Po
【机 构】
：
华中科技大学生命科学与技术学院,武汉430070;中国科学院青岛生物能源与过程研究所单细胞中心生物信息学团队 青岛266101
论文部分内容阅读
海洋微环境包含了丰富的生物,珊瑚礁就是其中一种。对珊瑚礁共生的微生物群落组成分析能够回答珊瑚共生体的关键生态学问题。微生物群落结构与环境因子之间的关系也能为物质循环提供重要的线索。在本研究中,我们收集了地理学位置较远的中国南海和莫里阿岛的珊瑚礁共生体微生物群落的测序数据。从NCBI下载数据集SRR82519和SRP007926,数据集中共有25个样本,其中17个珊瑚礁样本根据来源可以分成7组：Porites Iutea(P1),Galaxea fascicularis(Gf),Acropora millepora(Am),Paopao Bay, Fore reef,Back reef和Fringing reef,前三组来自中国南海,后面四组来自莫里阿岛；其余的样本为莫里阿岛离海岸的海水样本。每个样本的序列条数在554和23858之间。
其他文献
东亚地区的品种犬是家犬被驯化后在这一地区品种化所产生。这些品种犬中有许多群体在系统发育树上形成相对古老的分支。其中,松狮犬的品种形成历史久远,而且具有许多独特的表型,例如结实的体形,双层被毛,以及蓝黑色的舌头。在本工作中,我们采用基于限制性酶切位点相关DNA测序(RAD-seq)的方法,对采自中国地区的9只松狮犬的全基因组DNA进行了简化测序。将这一数据与他人已发表的包括4只灰狼,33只家犬的全基
为了比较和探索SB,PB和Tol2三种转座子介导下,斑马鱼上的转基因效率和基因捕获效率研究,以及基因捕获个体的F1代的基因捕获效率；本研究将包含三种转座子的转基因载体pT3-PST-FAG-GFP分别与三种转座酶表达载体以五种质量比(2∶1,2∶3,2∶5,2∶8,2∶10)混合,细胞质显微注射至斑马鱼受精卵,在胚胎发育早期(24hpf)和幼鱼期(120hpf),用体视荧光显微镜检测报告基因绿色荧
Mastitis is a common and costly disease in dairy cattle, but traditional breeding strategies have no effective achievement on anti-mastitis due to its very low heritability.One SNP (ARS-BFGL-NGS-10048
丝状真菌里氏木霉是重要的纤维素酶工业生产菌株，也是研究真核生物基因表达调控的模式菌株。在纤维素底物存在的条件下，与纤维素水解相关的纤维素酶组分可以迅速大量地产生，而在葡萄糖存在的条件下酶的表达会被关闭。在里氏木霉被分离研究的几十年里，关于纤维素酶表达的一些基本问题至今都没有明确的答案，如这些降解真菌如何感应细胞外的水不溶性纤维素底物而触发纤维素酶基因表达？诱导纤维素酶基因转录表达的信号感应及传递机
The pentatricopeptide repeat (PPR) proteins are a large family of proteins characterized by tandem repeats of a degenerate 35-amino-acid motif.PPR proteins play critical roles in all aspects of organe
Tef (Eragrostistef), a tetraploid grass, is the mainstay of Ethiopian agriculture, with more acres planted than in any other crop.Tefgrain has one of the bestmineral contentsamong cereals, with simila
正选择能促进物种对其生存环境的适应。对物种基因组中正选择位点的研究能加深我们对适应性进化的了解。传统的检测正选择位点的方法都无法排除群体历史对正选择信号的干扰。这里,我们以欧洲家鼠(Mus musculusdomesticus)为研究对象,通过全基因组测序技术获得高密度的多态性位点数据,以最大似然性估计来推断欧洲家鼠的群体历史。通过不同群体历史模型之间的比较显示：伊朗群体在大约24,379年前遭受
MiRNA是真核生物中基因表达重要调控因子之一.DNA病毒中也发现了大量的miRNA分子,比如疱疹病毒、多形瘤病毒、囊泡病毒、腺病毒等.现发现病毒miRNA分子可以通过基因沉默调控自身基因、宿主或两者基因的表达.过去几年中,从中国不同区域的中国大鲵驯养场,人们在中国大鲵病体上分离出一种DNA病毒,称为中国大鲵病毒(CGSV和ADIV).2011年我们从湖南张家界中国大鲵驯养场患病的中国大鲵体内也分
Immobilization of Saccharomyces cerevisiae is commonly used to efficiently produce fuel ethanol in industry due to better resistance to environmental stress compared with planktonic cells.In this proc
单链DNA结合蛋白SSB在DNA复制、修复与同源重组中发挥着重要的作用。上述DNA代谢过程均需要DNA双链与单链之间的转换。然而,单链DNA的出现容易被降解或发生错误折叠,可直接威胁基因组的稳定性。最近的研究表明,SSB蛋白不仅能保护单链DNA,而且能与至少14种参与DNA代谢的蛋白质直接发生相互作用,其中包括RecG、RecO蛋白。