【摘 要】
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正选择能促进物种对其生存环境的适应。对物种基因组中正选择位点的研究能加深我们对适应性进化的了解。传统的检测正选择位点的方法都无法排除群体历史对正选择信号的干扰。这里,我们以欧洲家鼠(Mus musculusdomesticus)为研究对象,通过全基因组测序技术获得高密度的多态性位点数据,以最大似然性估计来推断欧洲家鼠的群体历史。通过不同群体历史模型之间的比较显示：伊朗群体在大约24,379年前遭受
【机 构】
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中国科学院上海生命科学研究院计算生物学所,上海200031 Department of Evolu
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正选择能促进物种对其生存环境的适应。对物种基因组中正选择位点的研究能加深我们对适应性进化的了解。传统的检测正选择位点的方法都无法排除群体历史对正选择信号的干扰。这里,我们以欧洲家鼠(Mus musculusdomesticus)为研究对象,通过全基因组测序技术获得高密度的多态性位点数据,以最大似然性估计来推断欧洲家鼠的群体历史。通过不同群体历史模型之间的比较显示：伊朗群体在大约24,379年前遭受到了强烈的瓶颈效应。伴随着人类的贸易活动,法国和德国的群体在大约3914年从伊朗开始了向欧洲的迁徙。在近代,三个群体都有不同程度的群体扩张。这个模型和史料也是吻合的。以该群体历史模型为基础,我们进一步对三个不同的家鼠群体进行了全基因组扫描,通过正选择和中性两种不同情况之下的似然性比较,检测到了许多正选择候选位点。这种方法能够有效的排除群体历史对正选择信号的假阳性干扰,为其他物种的正选择位点检测提供了一个有利的借鉴。
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