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以我国31 个省域和东中西三大区域作为地理观测单元，以专利申请受理数作为创新产出的度量指标，采用相对发展率、Morans I 指数、Theil 指数及其分解详细刻画我国区域创新产出差距的时空演变特征，在此基础上试图揭示我国区域创新差距时空演变的主要影响因素，并探讨其影响机制.文章的研究结果表明：①1997-2012 年期间，我国区域创新强度相对发展率的地区差异较大，使得省际创新产出呈现自东向西梯度递减并集群分布的空间演化特征；②我国东中西三大区域内部的创新差距持续增大，不存在“俱乐部收敛”特征；区域间创新差距先增大后减小，由此推动区域创新总体差距以2007 年为分界，呈现先增大后减小的倒“U”型变化特征；③从贡献率的变动趋势看，东中西三大区域内部省际差距对全国整体差距的贡献率在考察期内持续增加，而三大区域之间的创新差距对全国整体差距的贡献率却呈现不断减小的发展趋势.④我国区域创新差距的时空演进不仅受到R&D 规模、人力资本、地区发展水平、地区创新政策等基础条件影响，更受到集聚效应、知识溢出等地理空间因素的影响，并呈现空间层面的报酬递增和循环累积，而后者在以往的研究中尝尝被忽略.文章最后在实证研究的基础上，提出了促进区域创新协调发展以及区域创新空间结构优化的对策建议.