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[目的]分析闽江流域不同断面大肠杆菌（Escherichia coli）SepA基因序列,并对其抗生素耐药性进行比较。[方法]对分离自福建闽江流域不同断面的大肠杆菌的SepA基因进行测序比对,并对该菌株进行耐药性分析。[结果]不同断面分离的大肠杆菌SepA基因序列和抗生素的耐药性均存在一定的差异。[结论]该研究可为今后进行闽江流域污染源的追踪、风险评估和开发特异性探针提供依据。