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本文考虑了研发创新过程中的能源环境约束，构建能处理非期望产出Malmquist-Luenberger指数模型对中国30个省级区域及八大经济区2001-2011年间工业企业研发创新的全要素生产率及其分解指数进行测算，并分析其时序演进和空间分布的基本特征。研究发现：当考虑了研发创新过程中的能源环境约束后，中国工业企业研发创新全要素生产率指数（ML指数）与传统研发创新全要素生产率指数（M指数）比较，有一定程度的下降；技术进步是工业企业研发创新全要素生产率增长的源泉，技术效率呈下降态势；考察期内研发创新全要素增长