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湿地生态功能区是国家“十·五”规划纲要提出的限制开发区域中的一种类型。其生态补偿机制研究，既与其他限制开发区域有共性，也有独特之处。其基本思路是：保护第一，从严控制开发行为；为确保湿地生态功能供给提供强有力的制度支持和稳定的资金支持；妥善安置生态移民；适度发展生态、高效农业和生态旅游。为此须建立湿地生态功能区补偿机制，即建立纵向与横向交错的转移支付补偿机制，加快立法进程，完善行政管理体制，配套与生态补偿机制相适应的生态税收体系等。