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随着信息技术的不断发展,出现了越来越多的以图作为逻辑表达的数据,例如城市规划中的建筑模型、化学分子结构式,生物网络,社会网络图中的实体关系和图像检索等。本文利用生物网络中的蛋白质之间的反应的作用关系,以及结合相互之间的权值,构建的生物网络图。通过java optimization model(JOM)工具结合GLPK优化包对构建的生物网络匹配图的数学模型进行线性优化,从而找到一个子图的最佳匹配模式。