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MicroRNAs (miRNA)是一类内源性、短链非编码RNA,通过转录后调控参与生物的各种生理过程.本研究以不同碳酸盐碱度(碱度4 g/L NaHCO3;碱度6g/L NaHCO3)胁迫尼罗罗非鱼72 h后的鳃组织为材料,通过Hiseq4000深度测序平台和生物信息学的方法建立并分析miRNA转录组,共鉴定出276个已知miRNAs,其中包括63个差异表达显著且随碱度持续变化miRNAs (p＜0.05).随机选取4个随碱度变化持续变化(上调或下调)和3个随碱度变化不持续变化的miRNAs进行RT-qPCR验证,结果表明这些差异表达的miRNAs均参与了罗非鱼应答碱胁迫的过程.并对上述7个miRNAs的靶基因进行了预测和KEGG通路显著性富集分析,发现钙信号通路和MAPK信号通路等显著富集.