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已在绿藻，红藻与硅藻等真核藻中发现有质粒状ＤＮＡ，其结构一般是环状或线状的双链ＤＮＡ小分子。结藻与硅藻的质粒状ＤＮＡ中有可读框架，某些ＯＲＦ有转录活性或与已知基因有明显的同源性，表明藻类质粒状ＤＮＡ是一种功能活跃的新型基因组。研究还发现质粒状ＤＮＡ是有用的分子分类标记，同时也是藻类基因工程潜在的载体。