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二维头影测量是正畸及口腔专业中重要的诊断技术，随着影像技术的进步，尤其是锥形束CT的应用，三维头影测量成为临床科研热点。但三维头影测量不会因硬件的进步而一蹴而就，与二维头影测量一样，目前三维头影测量还有许多底层的技术问题需要研究、规范，一些三维头影测量研究中的常见问题尚需探讨，如三维影像的数据源与多源三维数据整合的意义；CT数据的获取缺乏头颅定位架的支持，三维头颅的再定位是临床应用首要问题；由于CT数据的显示方式不同，定点的均质性也不同于二维头影测量；是否有必要为三维头影测量建立正常值也是非常有争议的话题；三维重叠比二维更复杂，但也更能全面剖析结构的立体差异。三维头影测量仍然还有很多基础理论问题尚待研究。