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所有多校区大学面临的一个非常重要而又难以解决的问题是融合，包括人员、文化、机构、学科等多方面的实质性融合。解决整体融合的根本出路是从学科融合上率先实现突破，用学科的融合来带动其他各方面的融合。因为，大学的基本元素就是学科，学校的主要人员附着于学科，学校的主流文化也缘于学科。多所大学合并以后，学科的门类和数量骤然增加，如何实现由原来管理相对单一的学科转变到管理学科相对综合的大学呢？比较有效的办法就是对所有的学科按一定的原则进行归并组建学院，用学院制来克服多校区大学管理跨度过大带来的一些管理难度。采用这种管理模式需要解决两个问题：一是如何组建学院；二是如何有效地运行学院。
组建学院，其基本原则可用10个字来概括：归并、综合、适度、特色和传统。归并，就是把所有的相同和相近的学科归并在一起，实现整体优化。综合，就是应体现科技发展的综合化趋势，发挥学科交叉优势，并注重发掘新的学科生长点。一般以学科的门类为基础（譬如法学院、文学院、医学院、理学院等）或一级二级学科（技术性行业、职业）（譬如机械学院、电器学院、计算机学院、水利学院等）组建学院。适度，就是规模要与管理模式相适应，把人员规模作为组建学院的一个重要标准，使得组建的学院规模不会太大，也不能太小，以便于管理。如果某所多校区大学的机械学科规模很大，组建成为一个机械学院管理的范围过宽，就不妨组建两个学院。特色，就是说组建学院时应特别体现出自己学科的优势，突出特色，保留和继续创造自己的名牌专业，即在组建学院时，应充分考虑办学的传统，不能图一时热闹和时髦，今天是计算机学院，明天叫信息学院，后天又改成高科技学院，等等。
在进行学科融合、组建学院方面，新浙江大学作了许多有益的探索。合并后的浙江大学，学科涵盖了除军事以外的11个学科门类，设有本科专业 98个、硕士学位学科193个、博士学位学科106个。面对如此庞大的学科群，浙江大学打破原校区格局，统筹规划组建了20个学院、70个系。今天的浙江大学，正大力推进学科交叉、融合和创新，并围绕若干新兴学科领域建设10余个交叉研究中心，在承担国家层次的重大科研任务和解决国民关键问题上发挥了重要作用。
运行学院，就是以学院为办学实体，实行校院两级管理。学校一级主要在宏观战略规划、人事领导、财务调控、信息沟通、公共设施建设与服务、对外联系与合作等方面发挥管理职能，使各个学院成为一个有机的整体，为实现学校的共同发展目标而努力；同时，要打破陈规，赋予学院更大、更多的自主权，充分发挥学院在教学、科研方面的积极性与创造性。
学院的运行须与三个因素相适应：一是学院的规模和学科综合度相适应；二是与学校机关机构设置和功能发挥相适应；三是与学科归并的具体情况相适应。从总体上，我国当前的多校区大学管理不宜过快地向学院放权，应该等到融合较好、矛盾不至于激化到危及学校的实质性合并时，再向学院一级下放管理权限。
在学院运行方面，四川大学在院系重组过程中的做法比较好。该校只任命实体性院系领导，非实体性系所负责人完全由实体性院系自己任命。实体性学院都是教学、科研、行政、党务等工作的基本管理单位，学院下设的系和所不是一级管理实体，不设党政办公室，系所负责人由学院任免，其级别不与行政级别挂钩。从目前四川大学的运转来看，这种体制收到了较好的效果，显示出了优势与潜力。
组建学院，其基本原则可用10个字来概括：归并、综合、适度、特色和传统。归并，就是把所有的相同和相近的学科归并在一起，实现整体优化。综合，就是应体现科技发展的综合化趋势，发挥学科交叉优势，并注重发掘新的学科生长点。一般以学科的门类为基础（譬如法学院、文学院、医学院、理学院等）或一级二级学科（技术性行业、职业）（譬如机械学院、电器学院、计算机学院、水利学院等）组建学院。适度，就是规模要与管理模式相适应，把人员规模作为组建学院的一个重要标准，使得组建的学院规模不会太大，也不能太小，以便于管理。如果某所多校区大学的机械学科规模很大，组建成为一个机械学院管理的范围过宽，就不妨组建两个学院。特色，就是说组建学院时应特别体现出自己学科的优势，突出特色，保留和继续创造自己的名牌专业，即在组建学院时，应充分考虑办学的传统，不能图一时热闹和时髦，今天是计算机学院，明天叫信息学院，后天又改成高科技学院，等等。
在进行学科融合、组建学院方面，新浙江大学作了许多有益的探索。合并后的浙江大学，学科涵盖了除军事以外的11个学科门类，设有本科专业 98个、硕士学位学科193个、博士学位学科106个。面对如此庞大的学科群，浙江大学打破原校区格局，统筹规划组建了20个学院、70个系。今天的浙江大学，正大力推进学科交叉、融合和创新，并围绕若干新兴学科领域建设10余个交叉研究中心，在承担国家层次的重大科研任务和解决国民关键问题上发挥了重要作用。
运行学院，就是以学院为办学实体，实行校院两级管理。学校一级主要在宏观战略规划、人事领导、财务调控、信息沟通、公共设施建设与服务、对外联系与合作等方面发挥管理职能，使各个学院成为一个有机的整体，为实现学校的共同发展目标而努力；同时，要打破陈规，赋予学院更大、更多的自主权，充分发挥学院在教学、科研方面的积极性与创造性。
学院的运行须与三个因素相适应：一是学院的规模和学科综合度相适应；二是与学校机关机构设置和功能发挥相适应；三是与学科归并的具体情况相适应。从总体上，我国当前的多校区大学管理不宜过快地向学院放权，应该等到融合较好、矛盾不至于激化到危及学校的实质性合并时，再向学院一级下放管理权限。
在学院运行方面，四川大学在院系重组过程中的做法比较好。该校只任命实体性院系领导，非实体性系所负责人完全由实体性院系自己任命。实体性学院都是教学、科研、行政、党务等工作的基本管理单位，学院下设的系和所不是一级管理实体，不设党政办公室，系所负责人由学院任免，其级别不与行政级别挂钩。从目前四川大学的运转来看，这种体制收到了较好的效果，显示出了优势与潜力。