应用全外显子组测序技术进行小耳畸形核心家系新生突变分析

来源 :中华整形外科杂志 | 被引量 : 0次 | 上传用户:gggoshow
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
目的:在中国汉族小耳畸形核心家系中评估基因新生突变模式在散发小耳畸形中的作用,寻找可能的致病性新生突变。方法:选取2017年3月至2018年7月就诊于中国医学科学院整形外科医院的24个中国单纯小耳畸形核心家系。其中小耳畸形患者24例,年龄6~10岁,男15例,女9例,均为单侧小耳畸形,包括左侧15例,右侧9例。获知情同意后,抽取患者及其未患病双亲的外周血,对24个单纯小耳畸形患者及其未患病双亲进行全外显子组测序,筛选位于基因编码区及经典剪接位点的新生突变,观察每例患者外显子区的新生突变数量。对筛选到的新生突变依美国医学遗传学与基因组学会变异分类标准进行分类,使用ExAc数据库、VarCards数据库、Human Splicing Finder 3.1在线软件分别对丧失功能突变、错义突变和同义突变进行变异特征判断,结合小鼠基因组信息数据库查询同源基因在小鼠鳃弓部位的表达情况、使用David6.8生物信息数据库对候选基因进行通路富集分析,使用在线人类孟德尔疾病遗传数据库查询候选基因与人类疾病之间的对应关系,从而对不同变异进行变异功能和基因功能2方面的致病性评估。结果:24个小耳畸形家系中共检测到23个新生突变,每个患者检测到0~3个外显子区新生突变,与正常人相比未见明显增加。突变类型包括错义突变12个、同义突变8个以及无义突变、起始密码子突变、整码插入突变各1个。其中LRP12基因无义突变依指南分类为致病变异。使用多种生物信息学软件及数据库对所有新生突变进行分析,未见明显的致病性特征。结论:小耳畸形患者中并没有发现明显的新生突变负担加重,尽管致病基因可能通过新生突变模式在小耳畸形中致病,但新生突变模式可能不是小耳畸形致病的主要遗传模式。“,”Objective:To evaluate the role of n de novo mutations (DNMs) in Chinese patients with non-syndromic congenital microtia by using whole exome sequencing in patient-parent trios and to detect the pathogenic DNMs, if there are any.n Methods:Twenty-four Chinese trio families with congenital microtia were recruited from March 2017 to July 2018 at the Plastic Surgery Hospital of Chinese Academy of Medical Sciences. The patients, aged from 6 to 10 years old, 15 males and 9 females, had unilateral microtia, including 15 on the left and 9 on the right. After informed consent, peripheral blood was collected from patients and their unaffected parents.Whole exome sequencing was performed on all patients and their parents. DNMs in the coding region and canonical splicing sites were detected, and the number of DNMs in each patient was obtained. Each DNM was classified according to the ACMG standards and guidelines for the interpretation of sequence variants. In-silico prediction was performed using different algorithms and databases considering both variant-and gene-level implications. ExAc database, VarCards, Human Splicing Finder 3.1 software were used to predict each variant’s pathogenicity, including loss of function variant, missense variant and nonsynonymous variant. Mouse genome information database was used to detect the expression of the homologous gene, and David 6.8 bioinformatics database was used for pathway enrichment analysis of candidate genes. The Online Mendelian Inheritance in Man database was used to query the correspondence between candidate genes and human diseases.Results:Twenty-three DNMs were detected in 24 microtia trios. In each patient, there was 0-3 DNMs with no significant difference in population. Twelve missense variants, eight synonymous variants, one nonsense, one start codon variant, and one inframe indel were detected. Among them, a nonsense LRP12 mutation was classified as pathogenic according to ACMG guidelines. However, none of the variants were considered disease-causing according to in-silico predictions.Conclusions:Increased number or mutational burden of DMNs are not observed in Chinese patients with microtia. DMNs is not the primary cause of microtia, although rare DNMs in responsible genes could occasionally lead to cases.
其他文献
通过对电力用户进行用能管理,能有效提高电能使用效率,满足社会经济快速发展的用电需求.文章介绍了电力用户能效管理的基本概念及研究的现状,重点论述在融合通信技术、用能可
【摘 要】《机械制造工艺学》是一门机械类的专业课程,本文通过对中职课堂教学现状的分析,分析了专业课教学的教法和学法,要提高机械制造工艺学的教学效果,就要采用符合课程特点和学生实际的教学方法和手段.对课程的教学做出了深刻探讨。  【关键词】机械制造工艺学; 课堂教学; 教学模式; 模块化  《机械制造工艺学》是中职机械专业的必修课,对培养高技能人才奠定坚实的理论基础,该课程结合机械加工制造的特点,有
日前获悉,由中国连锁经营协会主办的第十二届中国连锁店展览会于11月5至7日在南京国际展览中心举办。作为目前国内规模较大、且具权成性的零售品牌、零售技术、设备、商品专
电力营销是实现电力企业经济价值和社会价值的落脚点,提升用电营销服务对于提高客户的满意度具有非常重要的意义.文章提出了利用统一通信技术建立以市场需求为导向、以满足客
这位农民对现在的生活很满足几年前,浙江省绍兴市山泊村的农民厉宗奇要去城里买东西的话,一定要起个大早。村里就只有一辆车,每天天蒙蒙亮就从村子里驶出,不到天黑不回来。
用胃酶和醋酸自大鼠肺中提取Ⅰ和Ⅲ型胶原,並用酶联免疫法对其含量及比值进行测定。实验结果表明自大鼠气管注入石英后,在肺部所引起的纤维化的过程中,Ⅰ型与Ⅲ型胶原的含量
我们采用参考国家标准法和美国环境保护局报导的方法测定稳定二氧化氯(StabilizedChlorine Dioxide)的杀菌效能,试验在室温、35℃和PH6.0、7.0范围,用不同浓度二氧化氯(20、
铅、是人类最早掌握其使用技术的金属之一,用途广泛。早在三千多年前,我国劳动人民就掌握了“烧铅物作粉”的工艺技术,直到今天,工业生产上和铅有关的行业已有三、四百种。
TD-SCDMA是由我国提出的一种TDD-CDMA标准,具备TDD-CDMA的一切特征,能够满足3G系统的要求,可进行语音、传真及各种数据业务目前,TD-SCDMA发展良好,很快将投如商用.尽管如此,
高血压病对人类健康和生命的威胁,日益引起国内外学者的重视。不少作者认为:成人高血压病的过程和归转,根子在于儿童少年时期的血压水平状态。因此,早期研究儿童少年的血压