【摘 要】
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克隆得到玉米中AAP基因的核酸序列,通过对其编码蛋白理化性质、跨膜区、高级结构等方面进行生物信息学分析,为进一步深入研究玉米AAP基因的功能提供理论依据.采用同源克隆技
【机 构】
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吉林农业大学生命科学学院,长春130118;白城师范学院,白城137000
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克隆得到玉米中AAP基因的核酸序列,通过对其编码蛋白理化性质、跨膜区、高级结构等方面进行生物信息学分析,为进一步深入研究玉米AAP基因的功能提供理论依据.采用同源克隆技术得到含有完整编码阅读框的一段玉米未知功能基因,使用 ProtParam、ProtScale、TargetP v1.01 server、SignalP4.1 server、TM-HMM services v.2.0、SOPMA、Phyre2、DNAman等软件对该基因进行生物信息学分析.结果表明:克隆的玉米未知功能基因全长cDNA序列为1 396 bp,包括1 212 bp的开放阅读框,编码的氨基酸数403个,分子质量42.88 kD,理论等电点9.24,正、负电荷残基总数分别是18和30,在组成蛋白编码的20种氨基酸中丝氨酸所占比例最高,为13.4％,而组氨酸比例最低,为1.0％.AAP蛋白包含信号肽,剪切位点位于38、39残基处;编码区核苷酸序列与其他作物对比后发现,与大麦AAP1基因的相似性最高,相似度为87％.通过生物信息学分析初步证明从玉米中克隆的基因为AAP的核酸序列,命名为ZmAAP.
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