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变异型Ph易位包括单纯变异型,复杂变异型和隐匿型,其发生率约为Ph阳性CML的4～8%。变异型Ph易位具有与标准Ph易位相同的分子标志,即bcr-abl基因重组。变异型Ph染色体通过逐步易位或同步易位形成。变异型Ph易位CML患者的预后和血液学特征与标准型Ph易位CML患者无显著差异。一些Ph阴性CML在细胞遗传学未见Ph易位,但具有bcr-abl基因重组的分子遗传学证据。