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巴西彩龟的消化道管壁由内向外依次由粘膜、粘膜下层、肌层和浆膜4层结构组成。食管、胃和大肠有纵行粘膜皱襞,小肠无皱襞但有绒毛。食管上皮和肠上皮为复层柱状上皮,胃上皮为单层柱状上皮。消化道粘膜固有层内分布有淋巴细胞,虽然淋巴细胞有聚集现象,但没有形成典型的淋巴小结。无食管腺和肠腺,虽然有胃腺但胃腺细胞分化不明显,说明巴西彩龟消化道的组织分化程度较低,在系统发育中处于较低等地位。