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为了给海岛棉育种实践提供可靠的信息，采用SSR标记技术对14个已知来源的海岛棉品种的遗传背景进行了遗传多样性分析。从筛选出的41对有多态性的SSR引物中共扩增出280个等位位点，其中214个位点有多态性，占76．4％，每对引物可扩增出1～15个位点，平均6．83个等位位点。聚类分析表明，在Ski相似系数0．64水平上14个海岛棉品种可聚成4类。实验证明SSR标记技术可为海岛棉育种中亲本选配。提供可靠的分子水平上的依据。