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红曲产品存在的色素对桔霉素和莫纳可林K的高效液相色谱分析有干扰作用，并造成色谱柱负担过重。消除色素的副面影响显得尤为重要。采用甲苯／乙酸乙酯／甲酸为溶剂萃取固态红曲样品，可在萃取较少色素的同时最大程度萃取桔霉素。对于液态发酵的红曲样品，采用2倍于发酵液体积的乙醇萃取桔霉素的方法也优于其他方法。在HPLC分析中，用红曲的3种色素与莫纳可林K（酸型和内酯型）分别进样或混合后进样，发现当流动相中的乙腈浓度较高时，内酯型莫纳可林K与黄色素有相当接近的出峰时间。同时，紫色素、橙色素与酸型莫纳可林K也有相当接近的出峰