大肠埃希菌严谨反应蛋白RelA的表达载体构建及生物信息学分析

来源 :中国病原生物学杂志 | 被引量 : 0次 | 上传用户:lyzhanhun
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目的 构建大肠埃希菌严谨反应蛋白编码基因relA的原核表达载体,通过生物信息学方法分析RelA蛋白的结构和功能,为阐明RelA介导细菌严谨反应的分子机制奠定基础. 方法 利用分子克隆技术得到relA的CDS序列,利用基因工程手段将CDS序列连接到原核表达载体pET-22b中,通过抗性基因筛选和双向测序验证,得到重组表达载体pET-22b-relA.采用Protparam、TMHMM、ProtScale ExPASy、PSORTⅡ、SignalP、InterPro、UniProt、NetPhos 3.1、NetNGlyc 1.0、NetOGlyc 4.0、Blast等生物信息学软件和数据库对大肠埃希菌RelA蛋白的理化性质、功能位点、翻译后修饰、三维结构及蛋白相互作用网络等生物学特性进行系统分析;利用Clustal X2和MEGA7.0软件对RelA蛋白进行基于氨基酸序列的同源性分析和系统进化分析. 结果 成功构建relA基因的原核表达载体pET-22b-relA.生物信息学分析RelA蛋白由744个氨基酸组成,相对分子质量84×103 Da,等电点6.29,有两个卷曲螺旋结构,无跨膜螺旋区,为亲水性蛋白.RelA的N-末端结构域包括PH和SYNTH,C末端结构域包括TGS、α螺旋区、CC及ACT亚结构域;该蛋白主要在细胞质发挥功能,含有10个NTP结合位点,2个金属离子结合位点,16个合成酶活性位点,53个潜在的磷酸化位点和8个可能的糖基化位点;RelA在细菌之间高度保守,与大肠埃希菌RelA亲缘关系最近的是福氏志贺菌,其次是柯氏柠檬酸杆菌. 结论 RelA在细菌之间高度保守,提示其在细胞生命活动中具有重要功能,RelA通过与核糖体和tRNA的相互作用介导细菌的严谨反应,因此RelA是一种重要的翻译因子.本研究为全面揭示RelA分子的生物学功能,设计和筛选靶向RelA的新型抗菌药物提供了线索和依据.
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