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生境片断化是指大而连续的生境变成空间隔离的小种群的现象。生境片断化对植物种群遗传效应包括生境片断化过程中的取样效应及其后的小种群效应（遗传漂变、近交等）。理论研究表明，生境片断化后，植物种群的遗传变异程度将降低，而残留的小种群间的遗传分化程度将升高。然而对一些植物的研究表明，生境片断化对植物种群的遗传效应要受其他一些因素的影响，如世代长度、片断化时间、片断种群的大小、基因流的改变等。最后，针对生境