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参照已发表的鸡传染性支气管炎病毒(infectious bronchitis virus,IBV)基因序列,设计合成了1对引物,经RT-PCR扩增得到了IBV国内分离株D971约1.3kb的片段,其中包含3a、3b、E及M蛋白基因的完整ORF,并将该片段进行了克隆和序列测定.与国内外部分IBV毒株序列比较表明:D971 3a基因与CU-T2、D1466、DE072、M41、GA/99和UK/66的3a基因核苷酸序列同源性在83%～89%之间,氨基酸序列同源性为77%～91%,其中与CU-T2毒株的同源性最低(分别为83%和77%);3b基因与上述毒株的对应核苷酸序列同源性在85%～95%之间,氨基酸序列同源性为72%～96%,与CU-T2的同源性最高(分别为95%和96%);E蛋白基因与CU-T2、D1466、DE072、M41、Ark99、H52、Gray、GA/99和UK/66的核苷酸序列同源性在81%～86%之间,氨基酸序列同源性为74%～80%.不同毒株推导的E蛋白C末端表现不同特征,其中D971E蛋白C末端比CU-T2的对应区多9个氨基酸残基,而比本试验选用的其他参考毒株的相应区域短5～7个氨基酸残基.M基因与CU-T2、DE072、Gray、M41、H120、H52、SD/97/02、LX4及D41的M基因核苷酸序列同源性在86%～91%之间,氨基酸序列同源性为85%～95%,其中与SD/97/02的同源性最高(分别为91%和95%).对M蛋白的3个功能区进行序列比较发现,其N端第1～19位与SD/97/02的同源性最高,达90%,与CU-T2的同源性为80%,而与其他毒株同源性均低于61%;N端第20～100位含有3个跨膜疏水区,D971与其他参考毒株比较,该部位第20～67位相对保守,其中与SD/97/02的同源性为100%,与其他毒株的同源性在97%以下;在推测的与核衣壳连接的C端,D971与SD/97/02在第101～182住同源性为100%,与疫苗株H52和H120及国内分离株LX4和D41的同源性为97%,而与本试验所选的国外参考毒株同源性在96%以下;在C端第184～219位D971与H52的同源性为100%,与H120和SD/97/02的同源性为97%,与其他毒株的同源性也在96%以下,而且在C末端第220～222及224住与上述国内外参考毒株均不同,国内外各毒株在该4个位点氨基酸为丙氨酸、苏氨酸、甘氨酸和丝氨酸,而D971M蛋白的该区域氨基酸突变为丝氨酸、丙氨酸、缬氨酸和甘氨酸,该突变是否与D971的生物学特性尤其是组织嗜性的变化相关还有待于进一步研究.以上结果表明,D971与SD/97/02亲缘关系较其他毒株为近,但其遗传衍化又与国内使用的疫苗株H52和H120具有一定的联系.从其mRNA3和mRNA4cDNA的序列分析来看,D971又具有独特的分子特征.