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代谢综合征（MS）治疗中的靶器官保护涉及两层含义，其一，出于该综合征的性质，控制各项代谢指标尽可能达到正常人水平，最大程度减少多代谢异常影响大、小血管病变所致多脏器功能损害，是靶器官保护的最重要部分。其二，由于涉及多系统用药，须注意治疗药物的负面影响和药物间的相互作用，减少对各脏器的损害，有利于靶器官的保护。