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随着微生物的重要性在世界农业安全、环境安全、资源综合利用以及生态建设中的作用日益凸显,高校对植物生产类专业基础课程中的农业微生物课程进行教学改革,培养学生的“大国三农”情怀的重要性也日益突出。文章旨在挖掘农业微生物课程体系中蕴含的思想价值和精神内涵,探索课程思政与农业微生物课程教学相互融合的实现途径、举措和意义。文章对现有问题进行教学反思,努力提高该课程对学生的思想引领价值,达到润物无声的育人效果。课程思政的融入将有助于提高学生学习兴趣,热爱“三农”,引导学生以强农兴农为己任,提高学生认识问题、分析问题和解决问题的能力,注重对学生科学思维方法的训练和科学伦理的教育,并为其他植物生产类专业基础课与课程思政相互融合提供参考,为农业持续生产输送人才。