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近年来，南京军区南京总医院以“建设军内一流、国内领先、国际知名的现代化医院”为总目标，把加强数字化建设作为科学发展的突破口和切入点，作为加强内涵建设、巩固品牌地位、实现发展目标的重要举措来抓，实现了“医院管理智能化、医疗信息数字化、机关办公自动化、卫勤保障精确化”，显著增强了医院综合实力和核心竞争力，2009年被南京军区命名为“‘十一五’首批数字化医院建设达标单位”。