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人身上生活着很多细菌，它们的作用不可小视。
2008年的某一天，美国明尼苏达大学医学院消化科医生埃里克斯·克鲁茨（Alex Khoruts）接待了一位重症病人。这是一位患有严重腹泻的老年妇女，前任医生使用了多种抗生素都无济于事，半年多来她的体重下降了50多斤，连走路的力气都没有了，只能坐在轮椅上。
克鲁茨医生化验了这位病人的大便，发现了“艰难梭状芽胞杆菌”（Clostridium difficile，简称C-diff）的身影。这是一种近两年刚刚冒头的肠道病菌，之所以被命名为“艰难”，一是因为它很难被检测出来，二是因为它很难对付。C-diff对绝大部分抗生素都有抗性，只有万古霉素（Vancomycin）等极少数药效极强的抗生素才能对付得了它。万古霉素很贵，一个疗程需要2500美元以上，而且还不能保证绝对有效。尤其对于那些自身免疫力很低的老年患者效果更差，一旦停药很容易反复。
据统计，2008年时仅在美国平均每天就有超过7000名患者因为受到C-diff的感染而住在医院，每年死于此病的人数很可能高达1.5万人，其中绝大部分是体质较差的老年人。
极端的病例需要极端的手段。克鲁兹医生从病人的丈夫身上取来某样东西，把它移植到病人的身体里。一天之后，腹泻停止了，此后再也没复发。
究竟是什么东西产生了如此奇效呢？答案是：大便。
虽然听起来有点匪夷所思，但如果从技术的角度来看，这恐怕是所有移植手术里最简单的一种了，它不需要配型，不会流血，操作简单，移植材料由捐献者自取，医生所要做的只是用生理盐水将其稀释一下，再用滤纸过滤掉体积大的残渣，把过滤液用导管注入病人的大肠中去即可。换句话说，这就是一次简单的灌肠而已，只是灌肠剂用的是健康人的大便过滤液。
从上面的描述中可以猜到，克鲁兹医生真正想移植的不是大便，而是大便中的细菌，希望借助它们的力量来对付C-diff。健康人肠道中最常见的细菌名叫“类杆菌”（Bacteroides），化验表明，那名病人大肠内根本见不到类杆菌，代之以各种各样奇形怪状的致病细菌。移植了丈夫的大便后，病人大肠内的类杆菌重新取得了统治地位，C-diff被抑制住了。
克鲁兹医生并不是第一个想出这主意的。最先尝试移植大便的是美国科罗拉多大学医学院的几名医生，那是在1958年，该医院收治了4名肠道感染病人，在抗生素医治无效后决定试验大便移植，结果所有4名病人全都在48小时内恢复了健康。
大概是因为听上去有些“恶心”，此法一直没能普及开来。但2008年C-diff大爆发，一些医生这才重新想到了这个方法。据统计，自1958年开始直到现在，全世界的医疗文献中一共可以检索出170次大便移植手术，其中有三分之一的病例发生在2010年，可见此法近年来引起了医学界的广泛关注。从疗效上看，大便移植的成功率很高，比如克鲁兹医生自2008年首次尝试成功后又先后尝试过21次，自报成功了19次。
不过，来自达拉斯的一名消化科医生劳伦斯·辛勒（Lawrence Schiller）警告说，这个方法仍然没有被严格的临床试验所验证，尚不能代替传统的抗生素疗法。好在已经有人开始了临床试验，荷兰莱顿大学（Leiden University）医学研究中心的艾德·库伊吉帕（Ed Kuijper）博士及其领导的一个研究小组正在进行一项临床试验，看看大便移植是否比传统的抗生素疗法更加有效。
不管结果如何，这件事提醒我们，细菌很可能在人体的生理过程中扮演了一个很重要的角色。众所周知，人体内含有的细菌总数是人体细胞总数的10倍，也就是说，你身上的每一个细胞都要供养10个细菌。“供养”这个词其实并不恰当，因为很多细菌对人体的正常生理活动是有帮助的。克鲁兹医生的案例证明，一些无害细菌组成了一道细菌屏障，阻止了其他有害细菌的入侵。如果这些保护性细菌被杀死，那么外源细菌就可以很容易地侵入人体，造成恶性感染。还有一个极端的例子发生在医院的急诊室，因为医生通常会给急诊病人注射大量高效抗生素，以防止伤口感染，但是这些病人却很容易因此而感染脓毒血症。这种急性细菌感染平时只有2%的发病率，可在急诊室这个数字却上升至25%。事实上，这种来自医院的细菌感染是急诊室病人的一大死因，位列美国十大死因的第十位。
胎生哺乳动物在离开子宫前都是无菌的，出生后便迅速地被环境中的细菌“接种”。所以说，哺乳动物和什么样的细菌共生完全取决于生活环境。如果严格控制环境和饲料，就可以在实验室里培育出完全无菌的小鼠。研究表明，饲养无菌小鼠必须在饲料中增加维生素，以及比对照组多的卡路里，这是因为很多肠道细菌的作用就是分解某些难消化的植物饲料，把它们变成卡路里和维生素。根据计算，这些肠道细菌提供的能量占了实验小鼠总吸收量的15%。也就是说，这些细菌的存在使得小鼠可以少吃15%的饲料。
人类也是如此。正常分娩情况下，婴儿最先被“接种”的是母亲产道内的细菌。如果是剖腹产的话，则最先被“接种”的细菌主要来自大人们的皮肤表面。事实上，一项研究认为近年来发达国家哮喘等自免疫疾病的增加与剖腹产比例太高导致的肺部菌群异常有某种关联。
另外，很多以前认为与感染无关的疾病都可能与细菌有关。比如，美国科学家在关节炎病人的炎症部位发现了衣原体，并怀疑关节炎与这种专门寄生在真核细胞中的细菌有关。阿尔兹海默症患者的脑细胞内也发现了衣原体，让人怀疑这种老年痴呆症也是由细菌引起的。这个单子越开越长，目前已经有慢性疲劳综合症、海湾战争后遗症、多发性硬化症、红斑狼疮、帕金森式病和多种癌症可能与细菌感染有关。这个单子中最离奇的当属心脏病。科学家已经在动脉血凝块中发现了多种细菌，一些美国医生甚至给病人开大剂量抗生素以防治心脏病。不过，这种疗法目前存在很大争议，滥用抗生素不但会导致致病细菌产生抗性，还会杀死很多好细菌，很可能得不偿失。
总之，共生细菌是近来医学界的一个热门领域，有很多未解之谜。2007年，美国国立健康研究所（NIH）出资1.5亿美元启动了一个名为“人类微生物组项目”（Human Microbiome Project）的研究计划，对人体内最常见的细菌基因组进行测序，以便更好地研究细菌与人体健康的关系。
从目前的研究结果来看，人与人之间的共生细菌群落差异极大。生活在每个人手上的细菌种类平均只有13%是相同的，一个人左手上生活的细菌平均也只有17%和右手相同！由此看来，要想搞清这些细菌的作用，科学家们还有很长的路要走。