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在自主创新过程中，产学研合作制度的建立是我国科技创新体制的一个重大发展。文章根据东南大学产学研基地多年运行经验，对产学研基地构架搭建、研发团队、运行方式和经费管理进行探讨，论述了高校与企业共建联合实验室（研发中心）管理和运作机制，提出高校成立相关基地的原则立场，指出了产学研基地运行的存在问题并提出了建议。