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发酵和下游操作的一个重要特征是在发酵和下游间及下各步骤间存在密切的相互作用。迄今，这种相互作用很少关注。我们认为采取总体的系统方法（生物技术系统工程）及理解子系统间的相互作用是极为重要的。上下游有着共同的目标是以最低成本生产高质量产品，以获得竞争优势。在上游侧，存在减少杂质量和控制杂质属性之机会。影响睛游操作的上游因素包括生物催化剂、培养基、灭菌和发酵条件等。