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博物学家罗伯特·胡克用著作《显微制图》回应了自然界无形的复杂性这一奇迹。这本书出版于1665年1月，定价相当昂贵—30先令。书中包括58幅图画，当时还没有照相机，这些图画都是胡克用笔描绘的显微镜下看到的情景：雪花就像冰晶形态的树叶，跳蚤就像缩在盔甲中的龙虾，一只蝇正在用14000个“复眼”凝视着读者—科学界这才意识到，显微镜呈现的微观世界和望远镜眺望的宏观世界一样丰富多彩。
人工免疫
1822年出生于法国的化学家、微生物学家巴斯德，通过炭疽病的研究，在免疫学的理论和应用方面做出了开创性的工作。
在1880年的一篇论文里，他提到，每次天花流行时，人们发病的严重程度不同，有的时候发病急，发病率高；有的时候病人症状较轻，很容易康复。这说明，同一种病菌，尽管会引起相同的传染病，但毒性并不相同。如果可以人工培养一类低毒性甚至无毒的病菌，给人注射，让人生一场“小病”，就可以产生免疫力了。
减毒疫苗就是这么做出来的—用病菌培养皿长期存放菌苗，直到它的毒性衰减。
20世纪以来，人类已经可以大批生产多种多样的疫苗，预防各种传染病。用预防接种来获得免疫力的方法，叫作人工免疫，这是人类和传染病斗争的最重要的手段。
人工免疫分为被动免疫和主动免疫两大类。被动免疫是机体被动接受抗体、致敏淋巴细胞或其产物所获得的特异性免疫能力。最常见的是破伤风抗毒素：把破伤风抗毒素用加热的方法减毒后，给马注射，刺激马的免疫系统，马的血液出现大量抗体，这时候抽取马的血液，除去血球，得到的就是破伤风抗毒素。 抗毒素并不能消灭细菌，但是可以赢得时间，让人体免疫系统中的吞噬细胞赶到伤口处杀菌，所以，叫抗毒素为“援兵”比较恰当。这种被动免疫的优点是效应快，不需经过潜伏期，一经输入，立即可获得免疫力。不过缺点也很明显，“援兵”到底是外来的，并不能持久。
主动免疫是指将疫苗或类毒素接种于人体，使机体产生获得性免疫力的一种防治微生物感染的措施，主要用于预防—也就是平时所说的“打预防针”。
疫苗分好几种类型。死疫苗是选用能够引起较强免疫反应的病原体，经人工大量培养后，用物理或化学方法杀死而制成的。常用的有傷寒、霍乱、百日咳、流行性脑膜炎疫苗等。死疫苗的优点是易于保存，在4℃时可以保存1年左右。缺点是接种剂量大，注射后局部和全身副反应较大，需要接种多次。
类毒素疫苗是用甲醛（福尔马林）溶液把细菌毒素的毒性消除，但仍旧保留抗原作用的生物制品。类毒素的作用是刺激人体不断产生自己的抗体，来中和病菌分泌的毒素。类毒素保持的时间较长，即使若干年后体内抗体减少，再打一次加强针，抗体水平又会显著提升。
类毒素和死疫苗都没有生命力，免疫效果都抵不上活疫苗。因为活的微生物会在身体里繁殖，不断刺激免疫系统，作用更接近于自然感染。
20世纪以来，人类已经可以大批生产多种多样的疫苗，预防各种传染病。用预防接种来获得免疫力的方法，叫作人工免疫，这是人类和传染病斗争的最重要的手段。
活疫苗是把致病微生物用各种物理或化学方法进行人工处理使其丧失或大幅度降低致病性，或从自然界找来和致病微生物相同种类但没有或很小致病力的微生物制成的。活疫苗的毒力低弱，不会致病。例如麻疹、脊髓灰质炎的疫苗，在接种后减毒菌仍可在人体内有一定程度的生长繁殖，犹如轻型或隐性感染。一般只需接种一次，剂量较小，没有副反应或反应很轻，可以保持3～5年预防效果。缺点是保存期短，但可以采用冷冻干燥保存的办法来增加保存时间。
后瘟疫时代
人类与微生物的此消彼长，常常是阶段性的。在疫情消退之后、人类得以喘息的日子里，新的秩序、思考和社会氛围慢慢涌现。
小小的细菌改变了历史的走向。米歇尔·史维特斯（Michiel Sweerts）的画作《雅典鼠疫》，描绘的就是公元前430-公元前427年发生于雅典的鼠疫情况，当时正值第二次伯罗奔尼撒战争时期。疫情初现端倪之时，雅典人一口咬定灾难是斯巴达奸细所致，将大量人力物力投入到军事讨伐之中，终使惨剧无可避免。雅典近一半的人口死亡。
查士丁尼瘟疫也是如此。罗马帝国分裂后，拜占庭帝国皇帝查士丁尼在公元533年发动对西地中海的战争，就在他横扫北非、征服意大利之时，鼠疫在帝国属地埃及暴发，迅速传播到君士坦丁堡，四成的居民死亡，社会秩序被严重破坏。居勒·埃里·德洛内的画作《被瘟疫侵袭的罗马城》，描绘的正是查士丁尼瘟疫的可怖场景。这场瘟疫引发的饥荒和内乱，也彻底粉碎了查士丁尼的雄心，东罗马帝国最终走向崩溃。
“黑死病”（1347-1353年）过后，德国著名画家丢勒有一幅代表作《天启四骑士》（1498年），是“后黑死病时代”里启蒙思想的先声。
“四骑士”取材于《圣经》新约末卷，表现世界末日来临时，代表战争、瘟疫、饥荒和死亡的四位骑士从天而降，不分贫贱富贵，对人类进行审判。画面上，四位骑士骑在疾驰的马上，“战争”拉开弓，“瘟疫”挥着剑，“饥荒”手持天平，“死亡”高举三叉戟，马蹄所到之处，罪人受到惩罚。一个主教倒在马下，他的头即将被地狱之龙吞噬。
一方面，丢勒借此反映了饥荒和瘟疫后德国的混乱和疲弱；一方面，读者也能看到平民和主教一起“受难”的“平等主义”景象。瘟疫的肆虐，带来的是教廷权威的终极衰落，宗教不仅不能庇护人民，更不能庇护教廷权贵。同时，人们对教会的怀疑，又促进了文艺复兴的兴起。另外，瘟疫造成大量的人口死亡，也造成了无主之地的出现，劳动力价值的提高，“私人财产”的基础诞生了。夸张一点说，之后的欧洲格局就是在这样的条件下诞生的。
在列文虎克、伽利略和罗伯特·胡可用显微镜昭示了微生物的世界之后，斯威夫特的《格列佛游记》（1726年）很快就反映出了对尺度、规模和视角的焦虑。格列佛误入小人国和巨人国，当他近距离看到巨人国布罗丁奈格人的巨大尸体，厌恶再也掩饰不住：“他们的皮肤如此粗糙，颜色繁多，到处都是痣，像水沟一样宽”。
17世纪，带着“鸟嘴面具”的“瘟疫医生”成为“后瘟疫时代”的代表性符号，它的文化意义是双重的：既带有瘟疫本身具有的恐怖的死亡力量，也带有一种离经叛道的重塑价值之意—上帝是不可信任的，道德也是不可信任的。这也是“鸟嘴面具”能在今日张扬“蒸汽朋克”色彩的主要原因。
微观世界和宏观世界一样，不以人的意志为转移。瘟疫永远不死不灭，也许将在未来某日选中另一座城市予以痛击。
1947年出版的小说《鼠疫》，背景并不是一场瘟疫，作者加缪刚刚从法西斯和第二次世界大战的阴云中走出。小说里，灾难降临在他的出生地阿尔及利亚，措手不及的人们遭遇了无数巨大却细碎的痛苦，并不得不重整生活的秩序，审视自己的一生。
微观世界和宏观世界一样，不以人的意志为转移。瘟疫永远不死不灭，也许将在未来某日选中另一座城市予以痛击。
人们悲怆地与城市之外的世界隔绝，被迫与过去的生活挥手道别，时间被拉长，像影子一样牢牢笼罩在每个人的脚下。尽管热切盼望的“过去”总会再度到来，但背负了生命的重量以后，那个“过去”已经变得“陌生”。小说中的讲述者说，“我们每个人都只能因为今天活着感到快乐。”
三个世纪以来，针对微生物导致的传染病的研究和治疗方法已经不断刷新，人们的观念也在一次次的大流行病后逐渐发生变化。在21世纪，人类并非束手无策，但在新型冠状病毒肺炎席卷之时，十余万条生命的代价，依然令人久久不能平静。
萦绕在人们心头的疑惑，似乎又回到了17世纪—《鼠疫》中，里厄医生和牧师也都无法回答这个问题：上帝到底为什么会允许这样的灾难发生？
加缪也许认为答案并不复杂。无论是上帝，还是现在取代了上帝的“科学”，它们都会缺席。他得出的经验是，个人的快乐可能是耻辱的，而恐惧如果能够共同分担，就不会那么令人难以忍受。