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《北京大学学报（医学版）》努力打造北医科研成果与国内外同行交流的平台，于80年代首批进入了“中国科技核心期刊百名表”，随后进入了美国化学文摘数据库及其《化学文摘》（CA），俄罗斯《文摘杂志》（PЖ），世界卫生组织《医学增补文摘》（ExtraMED），中国科技论文与引文数据库（CST．PCD，中国科学技术信息研究所），中国科学引文数据库（CSCD，中国科学院文献情报中心），中国生物医学文献数据库（CBMdisc中国医学科学院医学信息研究所），