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家禽消化道中的微生物区系到目前为止还没有完全明了。在整个消化道中，微生物群落的大小和复杂程度总是在不断的变化，复杂程度最高的微生物区系通常集中在嗉囊和盲肠。在消化道的上半部分，大部分为兼性厌氧型微生物，而盲肠中则定居着大量的专性厌氧菌。个体差异、年龄、环境和饲料等许多因素影响这些有机物的类型、数量和活性。这些细菌会产生许多对宿主有益或有害的代谢物。肠胃上皮细胞与这些细菌的互作能够引起消化道结构和功能上的改变。