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施甸东山铅锌矿体主要受构造、地层控制。早期矿化以原始沉积为主，矿体呈似层状、层状、透镜状和脉状产出，均分布在二叠系沙子坡组及二叠系丙麻组、泥盆系何元寨组与沙子坡组接触带附近，产状与围岩一致，受层间断裂或断裂破碎带控制。中期由于构造活动对矿体进行了改造作用。表现为中南部矿段沿F2、F3构造带产出的陡倾斜矿体。晚期矿体为风化淋滤和岩溶充填方式产出，由于矿体底部普遍存在一套泥页岩地层而便于矿体的保存。据此初步认为东山铅锌矿为沉积改造型铅锌矿床。